Доподлинно известно, что к моменту вхождения алтайского народа в состав России в середине XVIII века, в войнах 1704-1708 гг. с Цинской империей (Китаем), по различным подсчетам историков, погибло от 700 тысяч до 1,5 млн. подданных Теленгетского ханства (просуществовало 582 года). С Цинской стороны погибших было 2,9 млн. человек (кит. источники). Земля Горного Алтая обезлюдела и была обескровлена. Впоследствии ханство стало подвергаться постоянным нападениям Джунгаров. Алтайцам приходилось воевать на два фронта, а когда воинов не хватало, приходилось платить дань двум агрессорам. На протяжении полутора веков земля Алтая была ареной бесконечных кровавых столкновений. В начале XVIII века Российские владения подошли к границам бывшего Теленгетского ханства. Стали налаживаться взаимоотношения и торговые связи с русскими, чему мешали постоянные грабительские нашествиями Джунгар и Цинцев (китайцев). В алтайском народе созревала идея вхождения в состав России, что и было осуществлено в 1756 году. Что сделала царская власть? Самым простым на то время было решение переселить алтайцев на Волгу к Калмыкам, чтоб не провоцировать Джунгар и Цинцев. К ноябрю 1756 года было отправлено 13 тысяч кибиток с переселенцами. Часть новых подданных, главным образом ойротов, была переселена на Волгу, к поволжским калмыкам, часть поселили в Красноярском уезде, однако, большинство осталось в верховьях Оби. В 1757 году, алтайские зайсаны, писали коменданту Бийской военной линии, полковнику де-Гаригге: «Дай нам людей на сбережение, сбереги от злого времени, в нашей земле. Где приглянется — стройте город». От имени всех зайсанов к русским направили зайсана Наамкы. Он предлагал уплатить ясак вперёд и брал обязательство выставить по требованию Русского правительства две тысячи воинов в летнее время и тысячу в зимнее. С 1757 года начался военный союз и совместная служба Сибирских казаков и алтайских нойонов. Одновременно проходила совместная интеграция и ассимиляция, ширились торговые и дипломатические связи. Стали созревать предпосылки появления православия в Горном Алтае. Одновременно с этим все еще шел процесс переселения алтайцев в Калмыкию. Зайсанов очень сильно возмущало, что их подданных переселяют, и они не могут платить налогов. Подданные, в свою очередь, заваливают жалобами царские власти и требовали, чтобы их переселили подальше от постоянных войн. И зайсаны обращаются к казакам с просьбой донести их проблемы до Степного генерал Губернатора. Их просьбы была направлена в 1826 году. И единственным выходом из ситуации было Принятие Христианства алтайцами. В Российской империи действовал Закон о черте оседлости, который гласил, что нельзя передвигаться по Российской империи народам, кроме лучших людей (дипломаты, купцы, высшие военные чины). Так же передвигаться могли по империи и лица, наделенные специальными указами различными полномочиями. И в то же время, по закону, переселять куда либо христиан было запрещено. Алтайская Духовная миссия была образована указом Синода от 24 декабря 1828 г. После прихода Православия и принятия Христианства многими алтайцами, был остановлен и процесс переселения. Царской власти пришлось уже решать проблемы не постоянной беготней от проблем, а проявить всю мощь Российской империи по решению вопроса о границах с Китаем. Фактом, благодаря которому Алтайцы со времен Теленгетского ханства, снова вышли на политическую арену, пускай уже в другом государстве, стало принятие Православия. Это подтолкнуло все политические и экономические процессы в Горном Алтае. В силу того, что регулярных царских войск в Горном Алтае не дислоцировалось, кроме казачьих, а охранять огромную территорию было необходимо, было принято решение приписывать в казаки местное население. К моменту подписания Пекинского договора (1862 г.), когда на границах стало относительно спокойно, алтайские нойоны стали казачьим сословием. К 1917 году все казаки, проживающие на современной территории Республики Алтай, исторически входили в управление Бийской казачьей линии 3-го военного отдела Сибирского казачьего войска. Граница линии в дореволюционный период, проходила с юга по границе с Монголией (Чуйский пикет), с востока по Телецкому озеру (Артыбашский пикет). Казаки несли государственную, таможенную и почтовую службы, осуществляли охрану Чуйского тракта, сопровождали и конвоировали торговые караваны. Казаки нанимались и содержались за счет зайсанов. Некоторые зайсаны, такие как Аргамай Кульджин, содержали более двух сотен казаков. В личном хозяйстве казаки и их семьи занимались в основном скотоводством и держали пасеки. В 1917 году, новая революционная власть, с ее негативным отношением к казачьему сословию, пришлась жителям Алтая не по душе. В 1918 году алтайский казак, георгиевский кавалер подъесаул Дмитрий Владимирович Сатунин, создал добровольческий партизанский отряд, начавший борьбу с большевиками. С помощью населения красные отряды были изгнаны и Алтай объявил себя автономной областью. Став Верховным Правителем, адмирал Колчак особым приказом благодарил алтайцев за верность белому движению, включив их в состав своего личного конвоя. Один из офицеров-алтайцев подъесаул Александр Петрович Кайгородов, убедил генерала Дутова, походного атамана казачьих войск в Сибири, в необходимости создании нового казачьего войска. Вскоре последовал приказ Колчака о создании Алтайского казачьего войска, а его первым атаманом был избран Д.В. Сатунин. Начавшееся отступление Сибирской Армии нарушило дальнейшую работу по созданию Войска. Впоследствии, созданные казачьи подразделения были разбиты в ходе сражений и боев Гражданской войны.
Возрождение казачества в Алтайской республике началось 16 января 1992 года с Учредительного Круга Катунской казачьей линии. На круге был принят Устав Катунской казачьей линии при Алтайском отделе Сибирского казачьего Войска, избран Атаман и Правление сроком на 3 месяца. Нужно отметить, что от идеи возрождения Алтайского казачьего войска казаки отказались в самом начале этапа возрождения в пользу идеологии возрождения Сибирского казачьего войска, с учетом того, что Алтайское казачье войско трансформируется в отдел при Сибирском казачьем войске с сохранением своих традиционных элементов. Решение Учредительного Круга начало воплощаться в жизнь. Было подано заявление о регистрации уставных документов общественного объединения в Управление юстиции правительства Республики Алтай. 16 марта 1992 года была проведена регистрация Уставных документов Катунского казачьего Круга и организация была внесена в реестр Уставов (Положений) общественных объединений зарегистрированных в управлении юстиции правительства Республики Алтай. 1 февраля 1993 года атаман Сибирского Казачьего Войска Ю. Абрашкин издал Приказ №14-93 «О вхождении Катунской казачьей линии в структурное подразделение Алтайского отдела СКВ, о подтверждении чинов и изготовлении печатей для ККЛ». На очередном Круге, в конце 1993 года, было принято решение о смене названия Катунская казачья линия на более подходящее «Бикатунская казачья линия». 17 февраля 1994 года было получено Свидетельство коллективного члена Сибирского Казачьего Войска. Постановлением Атаманского Правления Сибирского Казачьего Войска, на основании войскового устава и решения Большого круга казаков Алтайского края, казачье объединение Бикатунская казачья линия, зачислена в состав Сибирского казачьего войска, как казачий отдел, объединяющий общины казаков Алтайского края и Республики Алтай с правом юридического лица, имеющего самостоятельный счет, печать и Устав. Атаманом Сибирского Казачьего Войска в то время был Ю. Белозерцев. В 1996 году атаманом отдела Бикатунской казачьей линии был избран Ю. Поздеев. Войсковой старшина В. Аплачкин собирает и регистрирует новое казачье общество «Горно-Алтайское отдельское казачье общество» и вступает в государственный реестр казачьих обществ Российской Федерации. Атаман Сибирского казачьего Войска В.А. Калетин Утверждает Устав 19 мая 1997 года. Наметились разногласия в рядах казаков. Произошло их разделение на реестровых и общественников. В 2000 году, власть в Горно-Алтайском ОКО переходит к В. Власову. В этот период самыми заметными фигурами периода возрождения казачества Республики Алтай, радеющими за судьбы казачества и отстаивавшими его интересы были В. Аплачкин, В. Черепанов, И. Богданов и В. Лебедев. В 2007 году атаман Усть-Коксинского станичного казачьего общества В. Иванов, направил делегатов М. Любенного и А. Аргучинского на Совет Атаманов Сибирского ВКО в Барнаул, с просьбой разобраться в ситуации, сложившейся в отделе. По требованию войскового атамана выехала комиссия во главе с казачьим полковником Василием Жуковым в Республику Алтай. В. Власов был отстранен от занимаемой должности войсковым атаманом казачьим генералом А. Острягиным. Наказным атаманом назначен Ю. Пьянков. Круг отдела был назначен на 31 мая 2008 года. На круге Горно-Алтайского отдела избран Атаманом войсковой старшина Чернышов Юрий Александрович, начальником штаба отдела был назначен В. Кукасов. Учредительный Круг 25 сентября 2010 года в с. Усть-Кокса, избирает атаманом отдела Ю. Чернышова, а В. Кукасова его первым заместителем и начальником штаба. С этого времени начался отсчет истории «Алтайского республиканского отдельского казачьего общества» и входящих в его состав городского, станичных и хуторских казачьих обществ (Указ Главы Республики Алтай, Председателя Правительства Республики Алтай А.В. Бердникова №293-у от 2 декабря 2010 года). В 2011 году, Круг Сибирского ВКО вводит в состав Сибирского Войскового Кказачьего Общества «Алтайское республиканское отдельское казачье общество». В июне 2011 года войсковой старшина Ю. Чернышов сложил с себя полномочия атамана отдела, в связи с переездом в другой регион Российской Федерации на постоянное жительство. Приказом войскового атамана Сибирского ВКО, казачьего генерала А. Острягина, наказным атаманом отдела назначается подъесаул Кукасов Виктор Викторович. 17 декабря 2011 года, отчетно-выборный Круг «Алтайского республиканского отдельского казачьего общества» в Горно-Алтайске, выбирает подъесаула В. Кукасова атаманом отдела. По Решению Круга отдел в последний раз меняет свое название, дополняя его принадлежностью к Сибирскому войсковому казачьему обществу (Указ Главы Республики Алтай, Председателя Правительства Республики Алтай А.В. Бердникова №97-у от 12 апреля 2012 года). По состоянию на осень 2012 года Алтайское республиканское отдельское казачье общество состоит из следующих первичных казачьих обществ: Верх-Уймонское хуторское казачье общество (атаман старший вахмистр Нетескин Александр Николаевич), Мараловодское хуторское казачье общество (атаман старший вахмистр Струков Владимир Юльевич), Горно-Алтайское городское казачье общество (атаман есаул Лебедев Виктор Петрович), Усть-Коксинское хуторское казачье общество (атаман есаул Сафронов Евгений Юрьевич), Турочакское станичное казачье общество (атаман младший вахмистр Бакшин Сергей Викторович).Алтайское республиканское ОКО Сибирского Войскового Казачьего Общества является динамично развивающимся отдельским казачьим обществом, которое объединяет всех казаков республики, взявших на себя обязательства по несению государственной и иной службы. Казаки отдела несут службу по охране общественного порядка совместно с МВД Республики Алтай, осуществляют охрану отдельных участков государственной границы и приграничной территории. В станицах и хуторах действуют добровольные казачьи пожарные дружины. Казаки взаимодействуют с МО РФ, МЧС, ДОСААФ Республики Алтай. Особо необходимо отметить тесное взаимодействие с Русской Православной Церковью Московского Патриархата. Все мероприятия окормляют священники, утвержденные Указами Владыки Максима — епископа Барнаульской и Алтайской епархии. Алтайское республиканское отдельское казачье общество Сибирского ВКО окормляется Благочинным Горно-Алтайского округа — иереем отцом Георгием Балакиным. Русская Православная Церковь несет Свет и Надежду в сердца казаков Горного-Алтая.